Diplomado em Órgão pela Escola Superior de Música de Lisboa e pelo Conservatório Superior de Música de Aragão em Saragoça. João Vaz é também doutorado em Música e Musicologia pela Universidade de Évora, tendo defendido uma tese sobre a música portuguesa para órgão de finais do século XVIII. Tem mantido uma intensa atividade a nível internacional, quer como concertista, quer como docente em cursos de aperfeiçoamento organístico, ou membro de júri de concursos de interpretação.

Efetuou mais de uma dezena de gravações discográficas a solo, salientando-se as efetuadas em órgãos históricos portugueses. Lecciona Órgão na Escola Superior de Música de Lisboa e é director artístico do Festival de Órgão da Madeira e das séries de concertos no órgão histórico da Igreja de São Vicente de Fora, em Lisboa (instrumento cuja titularidade assumiu em 1997) e nos seis órgãos da Basílica do Palácio Nacional de Mafra (de cujo restauro foi consultor permanente).