João Santos é licenciado em Música Sacra pela Escola das Artes da Universidade Católica Portuguesa – Porto, onde estudou com Luca Antoniotti (Órgão), Eugênio Amorim (Composição e Direção de Coros), Cesário Costa (Direção de Orquestra), Anselm Hartmann (Piano).

Tem-se destacado nas áreas de Órgão e Composição, tanto a nível nacional como internacional, contactando com célebres organistas. Participou em prestigiados concursos internacionais de órgão e efetua regularmente concertos por todo o país e estrangeiro, de onde se destacam a Catedral de Westminster (Londres), o Orgelfestival Rhúr (Alemanha), a Catedral de Notre Dame de Paris, o St. Christoph Summer Festival (Vilnius).

Tem trabalhado com grande parte das orquestras nacionais. Como compositor, obras suas têm sido premiadas e reconhecidas internacionalmente, culminando com a publicação de algumas obras. Desde 2018, é membro permanente da equipa de organistas responsáveis pelos concertos a seis órgãos na Basílica do Palácio Nacional de Mafra. É organista titular da Catedral de Leiria desde 2007.