Joana Fernandes iniciou os estudos musicais no Conservatório Regional do Algarve Maria Campina, na classe do professor João Mogo. Concluiu o 8º grau no Conservatório de Música de Loulé – Francisco Rosado, sob a orientação do mesmo professor.

Prosseguiu os seus estudos na Academia Nacional Superior de Orquestra, onde se licenciou em Instrumentista de Orquestra, nas classes dos professores Sérgio Charrinho e Rui Mirra.

Atualmente, frequenta o Mestrado em Ensino da Música na Universidade de Évora, na classe do professor Pedro Monteiro.

É professora de trompete no Conservatório de Música de Loulé – Francisco Rosado. Participou em diversos estágios de orquestra e masterclasses com trompetistas de renome nacional e internacional.