Natural do Porto, Rute Magalhães desenvolveu o estudo de órgão no Conservatório Regional de Gaia.
Em 2006 terminou a licenciatura em Pedagogia Musical, na vertente de órgão, na Escola das Artes, da Universidade Católica Portuguesa.
Em 2010 concluiu o mestrado em ensino da Música, na mesma instituição.
Como organista tem-se apresentado a solo, em grupos de música de câmara, com diversas formações e participado em diferentes projetos orquestrais.
Atualmente leciona órgão no Conservatório de Guimarães.