Após a conclusão do restauro do grande Órgão da Sé de Faro em 2006, instrumento histórico de importância internacionalmente reconhecida, a Associação Música XXI tomou em mãos a organização do I Festival de Órgão, que teve lugar em 2007. Desde então, o evento passou a realizar-se anualmente durante o mês de novembro, nas Igrejas da Sé e do Carmo, em Faro.

Com adesão de público crescente ao longo dos anos, a organização tem sabido dar o devido destaque à apresentação das capacidades dos instrumentos através do talento de jovens organistas e também de nomes consagrados (João Paulo Janeiro, João Vaz, Sibertin-Blanc, Luca Antoniotti, Giampaolo di Rosa, José L. González Uriol, Roberto Fresco, Pavel Černý, Marco Brescia, Ton Koopman, Elisa Freixo, Andrés Cea Galán, Joris Verdin, Maurice Clement, Javier Artigas).

O sucesso do evento tem motivado a Associação Música XXI a persistir na sua organização e, a partir de 2016, o Festival de Órgão estendeu-se a outros locais do Algarve com órgãos de tubos em condições de serem tocados em público.

Em 2025 a Associação Cultural Música XXI organiza a 18ª edição do Festival de Órgão, que percorre os concelhos de Faro, Portimão, Loulé/Boliqueime, Tavira, Lagoa e Lagos entre 31 de outubro e 29 de novembro.

Serão 15 concertos, 2 masterclasses, 1 visita itinerante aos órgãos, 1 concerto pedagógico e 1 concurso de fotografia.